Me temo que en linux el tema de sonido ofrece más posibilidades y por tanto es más complejo.
En el caso que comentas lo que ocurre es que MuseSCore se "apodera" de la tarjeta de sonido y no quiere compartirla con ningún otro programa.
Lo más sencillo,si no vas a reproducir partituras, es deshabilitar el sonido en MuseScore en Edit > Preferences... y en la pestaña I/O desmarcar la casilla que está junto a Use internal synthesizer. (Hay que reiniciar el programa para que los cambios surtan efecto)

Otra opción algo más compleja sería reproducir en MuseScore a través de Jack+Qsynth.

Recuerda que el programa está aún en fase beta y faltan por resolver pequeños (o grandes) fallos como este.